Flora
De IJssel mag dan als landschap bijzonder zijn, dat geldt zeker ook voor de plantenwereld dier er groeit. Weliswaar wordt de vegetatie er in hoge mate door de landbouw gedomineerd, soms vind je op dijken en in natuurgebieden planten die je ook kunt aantreffen in de laaggebergten langs de Rijn, zoals de Eifel, de Hundsrück en de Vogezen. Niet helemaal vreemd, want de plantenzaden worden gemakkelijk door het water meegevoerd. Bovendien zijn rivierdalen door hun komvorm en de instraling meestal net een tikje warmer dan de omgeving. Daarnaast is er qua vegetatiesamenstelling ook enige verwantschap met de kustduinen, zeker op plaatsen langs de IJssel die zandig en droog zijn, zoals de rivierduinen. De plantensamenstelling wijkt daarmee zo zeer af van de Veluwe en de Achterhoek, dat botanici er een eigen naam aan hebben gegeven: het ‘Fluviatiel district’. Plantensoorten die voor dit district kenmerkend zijn, zijn meestal geen van alle uniek voor het rivierengebied, maar je ziet ze toch vooral vaak dáár. Wat meer algemene soorten uit dit district zijn veldsalie, cichorei, wilde peen, pastinaak, knikkende distel, kruisdistel (geen distel maar een stekelige schermbloemige), kroonkruid, vogelmelk, beemdkroon, kraailook en wilde kaardebol. Daarnaast nog een heel stel zeldzaamheden die de meeste mensen weinig zeggen, zoals liggende ereprijs.
Heel bijzonder en behoorlijk kenmerkend voor de IJssel zijn de geelsterren, kleine bolgewasjes uit het geslacht van de lelies. Langs de IJssel groeien er drie: de akkergeelster, de bosgeelster en de weidegeelster. De meest zeldzame, de bosgeelster, groeit bij de kasteelheuvel van Bronkhorst direct langs het pad waar deze route over loopt. De akkergeelster is een soort die zich vooral thuis voelt op landgoederen in het rivierengebied. De weidegeelster, allerminst een algemene plant, komt van de drie nog het meest voor: op rivierduinen, maar ook op grazige, enigszins bemeste en ook enigszins losgewoelde grond op de stadswallen en begraafplaatsen van de Hanzesteden langs de IJssel. Op Cortenoever groeit de weidegeelster massaal, op de hogere en meest zandige delen van een gewoon boerenweiland langs de IJssel.
Ook zeer bijzonder is de kievitsbloem, die eind april massaal bloeit. De kievitsbloemen, in een paars geblokt en een geheel witte variant, kwamen vroeger langs de benedenloop van de IJssel op meer plekken voor, maar zijn nu teruggedrongen tot twee veldjes in het natuurgebied Scherenwelle bij het dorp Wilsum (etappe 10).
Fauna
Ook wat de dierenwereld betreft kent de IJssel een aantal bijzondere gasten, al is er geen enkele uniek voor de IJsselvallei. De bever is zo’n soort. De laatste oorspronkelijke bever werd in 1826 doodgeknuppeld bij Zalk, langs de IJssel dus. De knuppelaar dacht dat hij met een otter te maken had, een dier die indertijd als nogal schadelijk werd gezien. Bevers zijn echter planteneters die, afgezien van wat graafwerk, totaal vredelievend en onschadelijk zijn. De huidige bevers zijn allemaal afstammelingen van dieren uit de moerassen langs de Elbe die met succes in de Millingerwaard (langs de Rijn), de Biesbosch en bij het Zuidlaardermeer zijn uitgezet. Bevers zijn groot, het lijf is alleen al zo’n 70 cm tot 1 m lang. Maar omdat bevers vooral nachtdieren zijn en zich bovendien vooral ophouden in de moerasbossen en –bosjes langs de rivier, zult u ze niet gauw zien. Toch zijn het niet heel schuwe dieren. De groei van het aantal bevers zit er ook langs de IJssel stevig in en te verwachten is dat over een paar jaar de meeste bosjes en oude rivierarmen langs de IJssel wel een beverfamilie zullen herbergen. Nu al kan je her en der langs de IJssel wel knaagsporen aantreffen en er zijn op diverse plaatsen burchten.
Ook zeearenden maken in Nederland een spectaculaire groei door, dankzij schoner water, grotere bomen, meer moerassen en doordat de jacht op roofvogels verboden is. Nederland wordt voor hen steeds aantrekkelijker, waardoor er steeds meer jonge vogels ‘blijven hangen’. Het duurt een aantal jaren voordat deze zware vogels geslachtsrijp zijn. Tot en met 2016 waren er nog geen broedgevallen langs de IJssel, maar dit voor jaar (2017) is een paartje zeearenden begonnen een nest in de IJsseldelta, ongeveer recht tegenover de uitkijktoren langs het laatste stukje van het IJsselpad (etappe 11). Maar ook buiten de IJsseldelta in de IJsselvallei is de zeearend allerminst zeldzaam. Je kan zeearenden het hele jaar door langs de IJssel aantreffen, bijvoorbeeld bij de Duurse Waarden tussen Olst en Wijhe en bij de IJsselmonding.
Dat laatste geldt ook voor de visarend. Dit is het rankere neefje van de zeearend. Waar de zeearend overwegend bruin en enorm is, met een spanwijdte (afstand tussen de vleugelpunten) van meer dan 2 m, is de visarend een maatje kleiner en heeft veel wit op kop en buik. Visarenden hebben een wat rankere, bijna meeuwachtige vlucht. Ook de visarend is regelmatig te zien langs de IJssel.
Ten slotte moeten in dit kader ook de ganzen worden genoemd. Langs de IJssel verblijven iedere winter enkele tienduizenden ganzen, vooral kolganzen en grauwe ganzen. Hoewel kolgans en (vooral) grauwe gans in Nederland ook broedvogels zijn, zijn deze wintergasten vooral vogels uit noordelijkere gebieden. Van de kolgans overwintert ongeveer 80 procent van de totale wereldpopulatie in Nederland.